明治から昭和にかけて、日本人の起源をめぐる研究のため、北海道や沖縄などの墳墓から人骨の発掘・収集が行われた。その結果、大学などに研究材料として人骨が保管され、それらの中には発掘・収集時に地域の人々の意にかかわらず集められたものも含まれていた、と見られている。
沖縄県今帰仁村（なきじんそん）にある百按司（むむじゃな）墓は、同村指定の有形文化財で、海に面した崖の中腹にある。1600年代に書かれた歴史書では、貴族の墓だったとされている。1920年代から1930年代にかけて、京都帝国大学に属する研究者が墓から人骨を持ち去り、少なくとも26体を今も京都大学が保管していることが分かっている。
2018年12月、沖縄の人々から京都大学に対して、「琉球民族遺骨返還訴訟」が起こされた。京都大学は「当時の人骨収集は適切だった」として返還を拒否し、裁判は今も続いている。
はたして人骨は誰のものなのか。番組では、沖縄の歴史や墳墓の特性などを取材して、問題の経緯を詳しく伝えるとともに、琉球・沖縄に対する過去の植民地主義的な政策が、現在にどのように影を落としているのかについても探る。