ヴェイガンは、セカンドムーンとラ・グラミスの連携による、大規模な侵攻作戦を実行しようとしていた。連邦もまた、それを迎え討つべく、宇宙要塞ラ・グラミス攻略作戦を発令する。両軍では最終決戦に向かう戦士たちが、それぞれ思いを巡らせる。果たして、この戦いの先にはどのような結末が待っているのか。地球の命運をかけた、両軍の激突は目前であった。