人類の過去の戦いにおけるテクノロジーが封じられた悪魔の秘宝『EXA-DB』。それを守護していたのは、巨大な怪物モビルスーツだった。ヴェイガンの最高司令官となったゼハートは、自らにその資格があるかを問うため、イゼルカントに託されたガンダム・レギルス一機でシドとの戦闘に挑む。だが、シドはレギルスの攻撃を次々とはねつけてしまう。追い詰められるゼハート。絶体絶命と思われたその時、レギルスの前に、黒いMSが現れる。