ディーヴァは、ロストロウランに向かう途中、砂漠上空にて、司令部が砂漠の亡霊と呼ぶ、正体不明の敵部隊『ファントム3』の攻撃を受ける。砂漠に潜む狡猾な敵の戦法に苦戦するディーヴァのモビルスーツ隊。そんな時、この状況を打ち破るべく、AGEシステムは、砂漠戦に特化したガンダムの新たな形態を生み出そうとしていた。ガンダムAGE-3は、厳しい戦況を打破すべく、完成したばかりの新型マシンGホッパーとドッキングする。