アセムの息子・キオは13歳になり心優しい少年に育っていた。キオが暮らすオリバーノーツに、ヴェイガンが襲い来る。敵要塞によって破壊されるビッグリング。そして、ヴェイガンの首領イゼルカントは、地球侵略の全面的な開始を宣言する。ヴェイガンの攻撃は地球全域に及び、連邦は大混乱に陥ってしまう。この危機的状況の中、キオとフリットは、新たなるガンダム、AGE3を動かそうとする。キオは、ガンダムの意外な隠し場所に驚く…。