25年という時が流れ、新たな世代へと歴史は受け継がれていく。地球連邦軍と、かつてUEと呼ばれた『ヴェイガン』との戦争は、未だ終わることなく続いていた。連邦軍司令官であるフリット・アスノは、AGEデバイスを17歳の誕生日を迎えた息子、アセムに託す。そんなとき、アセムたちが住んでいるコロニー・トルディアがヴェイガンの攻撃を受けてしまう。アセムはヴェイガンから、コロニーの人々を守るため、隠されたガンダムを起動する。