高校生亜人・永井圭。下校時、交通事故に遭い、亜人であることが発覚。以降、警察、及び、亜人管理委員会から追われる身となる。
圭が逃走中に接触を図ったのが、亜人テロリスト・佐藤だった。佐藤は圭を教育するため、彼を亜人管理委員会に引き渡す。が、試みは失敗。佐藤は圭と袂を分かち、独自に集めた亜人協力者と共に、グラント製薬爆破という大規模テロを引き起こす。
そして、現在。
亜人テロリスト・佐藤と亜人管理委員会との戦いは、新たな局面を迎える。
「第2ウェーブのテーマは、『浄化』だ」
佐藤による第2の犯行予告。それは、亜人関連要人15名の連続暗殺計画だった。
亜人対日本国政府、佐藤対永井圭の、国の存亡を賭けた最後の戦いが、幕を開ける……！
原作：桜井画門
（講談社『good! アフタヌーン』連載）
総監督：瀬下寛之
監督：安藤裕章
シリーズ構成：瀬古浩司
プロダクションデザイナー：
フェルディナンド・パトゥリ/田中直哉
キャラクターデザイナー：森山佑樹
造形監督：片塰満則
美術監督：松本吉勝
色彩設計：野地弘納
演出：井手恵介／岩田健志／米林拓
CGスーパーバイザー：岩田健志／上本雅之
編集：渡邊潤／田部季美
音響監督：岩浪美和
音楽：菅野祐悟
音楽制作：キングレコード
アニメーション制作：ポリゴン・ピクチュアズ
製作：亜人管理委員会
永井圭：宮野真守
海斗：細谷佳正
中野攻：福山潤
佐藤：大塚芳忠
田中功次：平川大輔
戸崎優：櫻井孝宏
下村泉：小松未可子
オグラ・イクヤ：木下浩之
曽我部：鈴村健一
アルメイダ：森川智之
マイヤーズ：坂本真綾
永井慧理子：洲崎綾
琴吹武：斉藤壮馬
オープニングテーマ
＜前期＞angela×fripSide
（キングレコード）
＜後期＞fripSide×angela
（NBCユニバーサル・エンターテイメント）