◆ Ａ.Ｇ.１０１年（Advanced Generation）
突如、出現した正体不明の敵『ＵＥ（Unknown Enemy＝アンノウン・エネミー）』によって、スペースコロニー『エンジェル』が攻撃を受け、崩壊した。多くの犠牲を出したこの大惨事は後に『天使の落日』と呼ばれた。その後もＵＥは地球圏に住む人々を、長きにわたり苦しめることになるのである。
◆ Ａ.Ｇ.１０８年
ＵＥとの戦いは続き、それまで平和だったスペースコロニー『オーヴァン』もまた襲われることになる。そこに住んでいた７歳の少年フリット・アスノは、戦火に巻き込まれ母親を失う。だが、その母の死に際、家に代々伝わるメモリーユニット『AGEデバイス』を託される。そこには、かつて救世主と呼ばれた古代のモビルスーツ『ガンダム』の設計図が入っていた。フリットは母の思いを受け継いで、『ガンダム』をつくりあげる決意をする。
◆ Ａ.Ｇ.１１５年
１４歳となったフリットは、スペースコロニー『ノーラ』の連邦軍基地アリンストンに引き取られていた。７年間、基地のエンジニア達とともに研究を続けてきた彼は、ついに『ガンダム』を完成させる。ガンダムには、機体を自己進化させる画期的な仕組み『AGEシステム』が搭載されていた。
しかし、ついに、恐れていた時がやって来る…。
ＵＥの魔の手が、平和なコロニー『ノーラ』にまで迫ってきたのだ。
そして今、フリットは自らがつくりあげた『ガンダム』を動かして戦う。
果たして、フリットは１４年もの間、一度も勝利できなかった恐るべき敵『ＵＥ』に打ち勝つことができるのか…？
戦いは新たなる世代へ────
フリットの息子、アセム・アスノ。
彼は父からガンダムを受け継ぎ、強大な敵、ヴェイガンに立ち向かう。
激しさを増す戦いの中で、若者達の友情は、命は、儚く消えゆくのか？
急展開するガンダム大河ストーリー第２章。
ヴェイガン…
それは、移住計画の失敗によって火星圏に取り残された人々がつくり出した、新たなる国家だった。
過酷な環境で生きることを強いられた者たちは『地球』という楽園を取り戻すため大いなる計画を企てたのだ。
Ａ.Ｇ.１４０年―
２５年という時が流れ、新たな世代へとガンダムは受け継がれていく。
地球連邦と、かつてＵＥと呼ばれた『ヴェイガン』との戦争は、終わることなく未だ続いていた。連邦軍司令官であるフリット・アスノは、ＡＧＥデバイスを１７歳の誕生日を迎えた息子、アセムに託す。その後、アセムたちが住んでいるコロニー・トルディアはヴェイガンの攻撃を受けてしまう。アセムはヴェイガンから、コロニーの人々を守るため、隠されたガンダムを起動する。
アセムの学校に転入してくる謎多き青年、ゼハート・ガレット。
彼との出会いがアセムの運命にもたらすものとは･･･。
Ａ.Ｇ.１４１年―
やがて、学園生活を終えたアセムは、地球連邦軍へと入隊する。
そして、アセムは、新たなるガンダム『ＡＧＥ-２』に乗り込んで戦いへと赴く。
フリットの孫でありアセムの息子、キオ・アスノ。
地球の平和な都市オリバーノーツで、のびのびと育っている。
キオは地球上で始まる新たなる戦いに巻き込まれて、戦士として成長していく。
キオに眠る力は、果たして戦争を終結に導くことはできるのか？
大きなうねりを見せる、ガンダム大河ストーリー第３章。
火星移住計画。その失敗によって火星圏に取り残された人々は独立国家ヴェイガンを名乗り、地球連邦政府に戦争を仕掛けてきた。
その戦いが始まってから、すでに７０年という時が過ぎようとしていた。
ヴェイガンの移動要塞ダウネスによるノートラム攻略作戦は、阻止され地球は守られた。
しかし、その後、地球では大きな動乱が起き、地球連邦政府は変革を迫られることになる。
そんな中、アセムとロマリーは、人生をともに歩んでいくことを決意する。
それから１０年…
――ＡＧ１５１年
アセムとロマリーの間にキオが生まれ、さらに１３年が過ぎる。
――ＡＧ１６４年
アセムの息子・キオは１３歳になり心優しい少年に育っていた。
キオが暮らす平和な町オリバーノーツに、突如ヴェイガンが襲い来る。
敵要塞によって破壊されるビッグリング。
そして、ヴェイガンの首領イゼルカントは、地球侵略の全面的な開始を宣言する。
ヴェイガンの攻撃は地球全域に及び、連邦は大混乱に陥ってしまう。
この危機的状況の中、キオとフリットは、オリバーノーツに隠された、新たなるガンダム『ＡＧＥ‐３』を起動する！
アセム・アスノは、宇宙海賊となり中立の立場として両者の均衡を保とうとする。
そして キオ・アスノは地球圏と火星圏の戦争を終わらせることを願い、動き出す。
それぞれの思いは戦争の行方に、大きな影響をもたらそうとしていた。
３人の思いは、火星圏の指導者イゼルカントの企てた、恐るべき計画を阻止することが出来るのか。
ガンダム大河ストーリー最終章。
――ＡＧ１６４年
キオは、ヴェイガンに捕らわれ、火星圏に運ばれたものの、父であるキャプテン・アッシュことアセム・アスノの決死の救出作戦によって救い出された。
地球圏に戻ったキオは、火星圏で暮らす人々の事情を知ったことで、戦争に対しこれまでとは異なる考え方をするようなっていた。これまで、ヴェイガンを悪の象徴と信じて戦ってきたキオは、今、本当の意味でヴェイガンと向き合うことになる。
キオは、新たなるガンダム、ＡＧＥ－ＦＸを操り、戦争を止めるべくＸラウンダーの力を使う。アセム・アスノは宇宙海賊として、両陣営の均衡を保ち、大きな戦闘のない仮初めの平和を維持しようとする。
そして、フリット・アスノは、ますますヴェイガンへの憎しみを募らせ、一挙にヴェイガンを殲滅しようと画策する。
ヴェイガンに奪われた月面基地ルナベースに侵攻する連邦軍。
そして、動き出す、ヴェイガン最大の宇宙要塞ラ・グラミス。
地球圏と火星圏の長きに亘る戦いは、ついに最終局面を迎えようとしていた。